Conforme explica nota da Parque Escolar, a Escola Secundária João de Deus pertence ao conjunto escolar inaugurado em 1948, correspondente a um antigo Liceu.
A intervenção levada a cabo pela Parque Escolar baseou-se em três grandes objetivos, manter ao máximo o edifício existente, adaptá-lo ao novo programa funcional - clarificando percursos e zonas para alunos e professores, conquistando novas áreas polivalentes e espaços de refeição, de lazer e de estudo, e garantindo a circulação interna, valorizando os espaços exteriores.
Além da Escola Secundária João de Deus, a Parque Escolar requalificou, até à data, sete escolas no distrito de Faro: Escola Secundária de Silves, Escola Secundária de Loulé, Escola Secundária de Tomás Cabreira, em Faro, Escola Secundária de Júlio Dantas, em Lagos, Escola Secundária Dr. Francisco Fernandes Lopes, em Olhão, Escola Secundária Poeta António Aleixo, em Portimão e Escola Secundária de Vila Real de Santo António.
Recorde-se que mais de meio milhar de alunos da Escola Secundária João de Deus, manifestaram-se em outubro de 2013, contra o atraso do fim das obras da Parque Escolar.
Na altura o diretor do Agrupamento de Escolas João de Deus, Carlos Luís, disse aos jornalistas, que as obras "duram há quatro anos, praticamente estão paradas, praticamente a obra não avança. A obra está a avançar a um ritmo muito lento, praticamente com cinco ou seis homens (...) e a Parque Escolar não dá respostas, não dá previsões".
O diretor reconheceu que os docentes também estavam no "limite", porque "não tinham condições para trabalhar".
As principais queixas dos estudantes passavam por terem aulas em contentores, o refeitório "não ter condições nem capacidade de resposta para as necessidades da escola" e a "inexistência de ginásio".
