Licenciado em Direito, é militante do Partido Socialista desde 1976.
Foi Secretário-Geral da Juventude Socialista entre 1984 e 88. No Algarve, foi Presidente da Federação do Partido Socialista até 2003.
No plano nacional, foi membro da Comissão Política do Partido Socialista, e Deputado à Assembleia da República pelo círculo eleitoral de Faro até 2005.
Membro da Comissão Parlamentar de Economia e Finanças, Coordenador do Grupo Parlamentar do PS para os assuntos de pescas na Comissão Parlamentar de Agricultura, Desenvolvimento Rural e Pescas, membro da Subcomissão de Turismo e da Assembleia Parlamentar Euro-Mediterrânica.
Entre 1993 e 98, ocupou o cargo de eurodeputado no parlamento Europeu.
José Apolinário, foi presidente da Câmara Municipal de Faro de 2005 a 2009. A 11 de Outubro de 2009 perdeu a corrida à presidência da Autarquia de Faro, passando a assumir o cargo de vereador.
Em Dezembro de 2009 foi nomeado, diretor-geral das Pescas e gestor do PROMAR. Em 2012 tomou posse como presidente do Conselho de Administração da Docapesca.
Em Setembro de 2013 foi eleito, Presidente da Assembleia Municipal de Faro.
Em 2015 foi eleito deputado algarvio pelo PS, nas eleições legislativas. Após indigitação do primeriro Governo de António Costa, em Novembro de 2015, integrou o elenco governativo, como Secretário de Estado das Pescas.
A 6 de outubro de 2019, o cenário repetiu-se tendo sido eleito deputado pelo PS nas eleições legislativas e nomeado para o segundo Governo de António Costa, como Secretário de Estado das Pescas.
Em 2020 acumulou o cargo de Secretário de Estado com o de coordenador regional no combate à Covid-19 no Algarve.
Em setembro do mesmo ano, abandonou as funções de secretário de Estado das Pescas para se candidatar em outubro à eleição para presidente da Comissão de Coordenação e Regional do Algarve.
Em 13 de outrubro de 2020, foi eleito presidente da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR) do Algarve, com 290 votos num universo de 423 votantes, segundo os resultados oficiais.
